El 18 de Junio de 1881 se inauguró la estación del ferrocarril de Cuautla, ocupando gran parte de lo que fuera la huerta del Convento de San Diego. La línea se llamó originalmente Ferrocarril de Morelos y más tarde fue incorporada al Ferrocarril Interoceánico de México-Veracruz, bajo el mandato de Porfirio Díaz.
La máquina de vapor de vía angosta No. 279 fue construida por la Baldwing Locomotive Works de Filadelfia para Ferrocarriles Nacionales de México y fue puesta en servicio en 1904.
En 1911, Emiliano Zapata conoció en persona a Francisco I. Madero en los pasillos de esta estación. Aquí se negoció el licenciamiento del Ejército de Zapata y la primera entrega de armas.
Cabe destacar que la máquina de vapor es la única en su tipo en el país que todavía funciona a base de vapor, por lo que es un atractivo turístico de mucha historia, hoy se pone en funcionamiento solo en ocasiones especiales.
