El importante legado histórico que conforma este museo, fue parte de la colección privada del poeta tabasqueño Carlos Pellicer Cámara. En 1965, el hombre de letras donó sus tesoros a Tepoztlán, municipio en el que vivió durante varios años.
El museo cuenta con más de mil piezas arqueológicas de las culturas zapoteca, maya, mexica y olmeca, destacando entre sus cuatro salas, el fragmento de una escultura pétrea dedicada al dios Ometochtli (dos conejos), encontrada en la falda del cerro del Tepozteco, que fue parte de la pirámide que está en la cima del cerro.
