Cuautla fue muy importante para la lucha armada de Emiliano Zapata y para su vida personal. En la Iglesia del Señor del Pueblo, contrajo nupcias con la Señorita Josefa Espejo.
Durante el movimiento armado, las tropas de Zapata tomaron en varias ocasiones la población de Cuautla; aquí recibió a Francisco I. Madero en la estación del Ferrocarril ubicada en los patios del Convento de San Diego, en 1911.
Cuando Madero visitó Morelos para tratar de darle solución al reparto agrario, ese día sucedieron dos acontecimientos importantes, primero, Zapata le dijo a Madero, “si no nos cumple sus promesas de la devolución de tierras, con estas mismas armas que lo apoyamos, lo derrocaremos” y la segunda fue que Zapata le pidió a Madero que fuera su padrino de bodas, pues se casaría poco tiempo después con Josefina Espejo, quien vivía en la comunidad de Ayala.
El día de su ejecución (10 de abril de 1911) su cuerpo fue traído a Cuautla y exhibido en los portales del Edificio del Ayuntamiento los días 11 y 12 de abril, para escarmiento de sus seguidores, el acta de defunción de Zapata, es ahora un documento histórico que se exhibía en el Ayuntamiento hasta el día 19 de septiembre de 2017, cuando un terremoto sacudió fuertemente toda la zona. Después de ese evento, el acta de defunción permaneció desaparecida durante un par de años, hasta que finalmente declararon las autoridades que se había “traspapelado” entre varias cajas de documentos del Ayuntamiento.
Fue sepultado en el Panteón municipal de Cuautla. En 1932 sus restos fueron trasladados a la Plazuela de la Revolución del Sur (donde permanecen hasta la fecha). Al negarse sus familiares a que reposaran en el monumento a la Revolución en la Ciudad de México.
