Este convento surge en el siglo XVI sobre un sitio prehispánico probablemente de persistencia religiosa que da origen después al Santuario del Señor de Mazatepec, está dedicado a San Lucas. Es probable que la fundación en sitio tan difícil haya tenido como motivo la continuidad de tradiciones religiosas antiguas; dice la tradición que antiguamente había agua aquí pero que habiéndose secado el manantial los frailes trasladaron el pueblo hacia la parte baja en la dirección en la que estaba otro manantial.
En 1746, el convento debió haber sido importante porque además del vicario había dos religiosos coadjutores.
La dedicación a San Lucas, el apóstol médico, quizá tenga que ver con el aspecto religioso de salud en la antigüedad. Actualmente sólo existen ruinas en lo que fuera el claustro, irregular en su forma por tener un patio alargado, con habitaciones pobres a los lados norte y sur. Al norte, sin embargo, hay muestras de construcción más rica, probablemente la que sirvió para la visita franciscana desde el siglo xvi y sobre la cual se construyó el convento.
El conjunto tiene su atrio de pequeña proporción y un templo sencillo con un estilo neoclásico acentuado en su interior con los elementos que adquirieron forma hacia finales del siglo XIX.
En la parte posterior existen vestigios de la zona arqueológica prehispánica.
Frente al convento fue levantado el santuario del Señor de Mazatepec. Notable es hoy en día por su famosa feria que tiene lugar el quinto viernes de cuaresma cada año y que atrae múltiples visitantes.
